В любом случае, независимо от площадей поперечного сечения, качество, как было и 100 лет назад это отношение К= Су/Сх. А эти два коэффициента и Су и Сх, можно грубо назвать коэффициентами формы обтекаемого тела. Площадь сечений при этом, будет влиять на величину пропорционально возрастающих от её значений, подъемной силы и лобового сопротивления.
Теперь о несущем фюзеляже. Если фюзеляж интегрирован в несущую поверхность при схеме "летающее крыло", то явно, этот аппарат будет иметь большее качество, чем классика, поскольку к Сх придется добавить Схго+Схво+Схфюз и, качество "поедет" вниз.
Если у Вас классическая схема с фюзеляжем интегрированным с несущей поверхностью (Т-50, Су-27, и т.д), что для самодельщиков является в основном вредными "понтами", а для взрослой авиации стремление улучшить характеристики маневренности на определенных режимах и других качеств (малозаметность и т.д), то тут тоже добавляются те же "добавки" отрицательно влияющие на качество. О балансировочных потерях я не говорю, поскольку они присущи всем схемам, даже "утке", где все "игреки" направлены вверх. Правда в боевой авиации потери на балансировку снижают как можно меньше, за счет уменьшения продольной устойчивости и внедрения САУ в систему управления.